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Document DE102004018655A1 (Pages: 7)

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INID Criterion Field Contents
54 Title TI [DE] Verfahren zur Identifizierung von Peptiden aus massenspektrometrischen Daten in genomischen Datenbanken
[EN] Identification of peptides uses selected sequences, from databases derived from mass spectrometry, for comparison for identity with a genome database using a software supported program
71/73 Applicant/owner PA Friedrich-Schiller-Universität Jena, 07743 Jena, DE
72 Inventor IN Allmer, Jens, Dipl.-Biol., 48231 Warendorf, DE ; Hippler, Michael, Dr., 07745 Jena, DE
22/96 Application date AD Apr 15, 2004
21 Application number AN 102004018655
Country of application AC DE
Publication date PUB Jun 23, 2005
33
31
32		 Priority data PRC
PRN
PRD		 DE
10341595
Sep 5, 2003
33
31
32		 PRC
PRN
PRD		 DE
10352521
Nov 7, 2003
51 IPC main class ICM C12Q 1/68
51 IPC secondary class ICS
IPC additional class ICA
IPC index class ICI
Cooperative patent classification CPC C07K 1/00
MCD main class MCM
MCD secondary class MCS C07K 1/00 (2006.01)
C12Q 1/68 (2006.01)
MCD additional class MCA
57 Abstract AB [DE] Aufgabe war es, mit vertretbarem Aufwand möglichst die Gesamtheit von Peptiden mit hoher Ergebnissicherheit erkennen zu können, insbesondere auch Peptide, welche durch sog. Introns auf genomischer Ebene getrennt sind. DOLLAR A Erfindungsgemäß werden die nach der Haupterfindung anhand von ausgewählten Sequenzfragmenten ermittelten Peptide in einer gesonderten Datenbank abgelegt. Das Massenspektrum zur "DeNovo" Aminosäure-Sequenzierung des aufzufindenden Peptides wird jeweils mit dem Inhalt dieser gesonderten Datenbank durch ein Programm, wie "SEQUEST" oder "MASCOT", zur Software-gestützten Identifizierung von Peptiden auf Grundlage von MS-Daten korreliert. Damit wird die Sicherheit, mit welcher das gefundene Peptid als solches interpretiert werden kann, erhöht. DOLLAR A Bevorzugtes Anwendungsgebiet ist die Datenbank-gestützte Proteomforschung. Des Weiteren sind alle Bereiche in Medizin und Biotechnologie relevant, in denen Peptide massenspektrometrisch einem Genom zugeordnet werden müssen.
[EN] The technique is for the identification of peptides from data in databases derived from mass spectrometry, where the fragmentation spectrum of the peptides under study is interpreted with flow cytometry amino acid sequencing software. The sequences thrown up are compared for identity with a genome database. The selected sequences are placed in a dedicated database according to the mass of precursor ions for each validated peptide, to be correlated through a program for software supported identification of peptides based on mass spectrometry data.
56 Cited documents identified in the search CT
56 Cited documents indicated by the applicant CT
56 Cited non-patent literature identified in the search CTNP
56 Cited non-patent literature indicated by the applicant CTNP
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Sequence listings
Search file IPC ICP C12Q 1/68