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Titel |
TI |
[DE] Verfahren zur Identifizierung von Peptiden aus massenspektrometrischen Daten in genomischen Datenbanken
[EN] Identification of peptides uses selected sequences, from databases derived from mass spectrometry, for comparison for identity with a genome database using a software supported program |
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Anmelder/Inhaber |
PA |
Friedrich-Schiller-Universität Jena, 07743 Jena, DE
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| 72 |
Erfinder |
IN |
Allmer, Jens, Dipl.-Biol., 48231 Warendorf, DE
;
Hippler, Michael, Dr., 07745 Jena, DE
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| 22/96 |
Anmeldedatum |
AD |
15.04.2004 |
| 21 |
Anmeldenummer |
AN |
102004018655 |
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Anmeldeland |
AC |
DE |
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Veröffentlichungsdatum |
PUB |
23.06.2005 |
33
31
32 |
Priorität |
PRC
PRN
PRD |
DE
10341595
05.09.2003
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33
31
32 |
PRC
PRN
PRD |
DE
10352521
07.11.2003
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IPC-Hauptklasse |
ICM |
C12Q 1/68
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| 51 |
IPC-Nebenklasse |
ICS |
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IPC-Zusatzklasse |
ICA |
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IPC-Indexklasse |
ICI |
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Gemeinsame Patentklassifikation |
CPC |
C07K 1/00
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MCD-Hauptklasse |
MCM |
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MCD-Nebenklasse |
MCS |
C07K 1/00
(2006.01)
C12Q 1/68
(2006.01)
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MCD-Zusatzklasse |
MCA |
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Zusammenfassung |
AB |
[DE] Aufgabe war es, mit vertretbarem Aufwand möglichst die Gesamtheit von Peptiden mit hoher Ergebnissicherheit erkennen zu können, insbesondere auch Peptide, welche durch sog. Introns auf genomischer Ebene getrennt sind. DOLLAR A Erfindungsgemäß werden die nach der Haupterfindung anhand von ausgewählten Sequenzfragmenten ermittelten Peptide in einer gesonderten Datenbank abgelegt. Das Massenspektrum zur "DeNovo" Aminosäure-Sequenzierung des aufzufindenden Peptides wird jeweils mit dem Inhalt dieser gesonderten Datenbank durch ein Programm, wie "SEQUEST" oder "MASCOT", zur Software-gestützten Identifizierung von Peptiden auf Grundlage von MS-Daten korreliert. Damit wird die Sicherheit, mit welcher das gefundene Peptid als solches interpretiert werden kann, erhöht. DOLLAR A Bevorzugtes Anwendungsgebiet ist die Datenbank-gestützte Proteomforschung. Des Weiteren sind alle Bereiche in Medizin und Biotechnologie relevant, in denen Peptide massenspektrometrisch einem Genom zugeordnet werden müssen.
[EN] The technique is for the identification of peptides from data in databases derived from mass spectrometry, where the fragmentation spectrum of the peptides under study is interpreted with flow cytometry amino acid sequencing software. The sequences thrown up are compared for identity with a genome database. The selected sequences are placed in a dedicated database according to the mass of precursor ions for each validated peptide, to be correlated through a program for software supported identification of peptides based on mass spectrometry data. |
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Entgegengehaltene Patentdokumente/Zitate,
in Recherche ermittelt |
CT |
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Entgegengehaltene Patentdokumente/Zitate,
vom Anmelder genannt |
CT |
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Entgegengehaltene Nichtpatentliteratur/Zitate,
in Recherche ermittelt |
CTNP |
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Entgegengehaltene Nichtpatentliteratur/Zitate,
vom Anmelder genannt |
CTNP |
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Zitierende Dokumente |
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Dokumente ermitteln
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Sequenzprotokoll |
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Prüfstoff-IPC |
ICP |
C12Q 1/68
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